Prva muzejska zbirka u Samokovu osnovana je 1930. Godine 1936. prerasla je u muzej koji je odobrilo Ministarstvo prosvete. Prof. Sam Hristo Vakarelski, poznati bugarski etnograf, 1938. godine priredio je prvu etnografsku izložbu. Godine 1940. zgrada muzeja je izgrađena po projektu arhitekte I. Iurdanova - prve zgrade dizajnirane za muzej u Bugarskoj.
Fondovi muzeja sadrže ikone, grafike, rukotvorine, dokumente, fotografije, umetnička dela, arheološke nalaze itd. Stalna postavka muzeja obnovljena je 2007. godine nakon renoviranja izložbenih sala.